あの夏の冒険から時は過ぎ、パートナーデジモンを持つ子どもたちは以前よりも数を増やしていた。 しかし、その特殊性ゆえに子どもたちは迫害や軍事利用を狙われるなど、負の側面が影を落としていた。 子どもたちの救助活動をしている太一とヤマトの元に、謎のデジモン達が襲撃を仕掛ける――。
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