チキン・リトルは、何をやっても失敗ばかり。「空のカケラが落ちてきた!」と騒ぎたて大パニックを巻き起こした、有名な《ドングリ事件》―その大失敗以来、彼は町中の笑いもので、父親にさえ認めてもらえなかった。心の支えは、変わり者ぞろいの仲間たちだけ。そんなある日、またしても目の前に“空のカケラ”が降ってきたのだ!やがて上空に宇宙船が襲来、エイリアンの総攻撃が始まる。大混乱の中、チキン・リトルは迷子の赤ちゃんエイリアン、カービーに出会う。カービーと町のみんなを救うため、チキン・リトルは全てを懸けて立ち上がる!そして、ついにとてつもない“奇跡”が起こることに…。