現代に恐竜がいないと主張するスネ夫にのび太はそんなことないよね?とドラえもんに聞くことから始まる。
質問にマルかバツかで真実を教えてくれるひみつ道具により恐竜がいるか聞き、バツと答えられる。ついでに0点のテストがあるかも聞いてあると答えられ、たまこ(ママ)にバレそうになったのび太は、テストの隠し場所確保のため、どこかの地底と繋げられるひみつ道具によりテストを隠した。見つけた地底がかなりいいところだったため、しずかちゃんとジャイアン、スネ夫を誘い自分たちだけの部屋を確保。
だがスネ夫だけはノイローゼ(ジャイアンはノゼローゼと言っている)になったらしく、一人でとぼとぼ散歩していると、恐竜を見つけ、ビデオカメラでの撮影を試みる。だが、色々あって竜の騎士から逃げて、捕まってしまう。
それに気づかないのび太たちはそれぞれに家に帰らないと行けない用事を思いつき、一旦帰還。だが、スネ夫が帰っていないことに気づき、また地底に行きスネ夫を救いに行く。
地底と繋げるひみつ道具が車に轢かれ壊れたがなんとか例の地底を見つけ、スネ夫捜索をする。そこで竜の騎士を見つけ、スネ夫の場所を教えるかわりに協力してほしいと色々情報調査をさせられる。そしてスネ夫と会えて良かったと一安心かと思いきやある筋でのび太は人類がいる地上を地底人が征服するという情報を入手しそれを仲間に相談。
まずいと思いそれを信頼できる地底人に相談し彗星が降り注ぎドラえもんが地底人を助けみんな事なきを得てみんな仲良くエンディング。以上。
序盤はミステリーぽくてゾクゾクして良かったんだけど、中盤以降はあまり盛り上がらないまま終わってしまった印象。