豊かな自然に恵まれた南の楽園、モトゥヌイ。タラおばあちゃんが子供たちにある伝説を語り聞かせていた。「命の女神テ・フィティの<心>には、命を創り出す偉大な力が宿っていた。その<心>を半神半人のマウイが盗んだとき、暗黒の闇が生まれた。だが、闇がすべてを覆いつくす前にサンゴ礁を超えて旅する者がテ・フィティの<心>を返し、私らを救ってくれる」と―。
そんな伝説を聞いて育った少女モアナは、幼いころに不思議な体験をしていた。まるで海が生き物のようにモアナに触れ、何かを伝えようとしたのだ。だが、モトゥヌイには島を取り囲むサンゴ礁の外には出てはいけないという掟があり、航海は禁じられていた。掟を守る村長のトゥイは、「大海原に飛び出して、その先に何があるのか見てみたい」という気持ちを募らせる娘のモアナに、「海は危険だ。お前の幸せはここにある」と言い聞かせていた。
ある日、モトゥヌイに不穏な出来事が起こり始める。ココナッツの木が病気にかかり、魚も捕れなくなったのだ。それらは全て、半神半人のマウイが盗んだテ・フィティの<心>によって生まれた闇が、今にもモトゥヌイを飲み込もうとしているからだった…伝説は本当だったのだ。
「自分の心の声に従うように」―タラおばあちゃんの最期の言葉を胸に、自分の運命を知ったモアナは大海原へと旅立つ。テ・フィティに<心>を返すために、愛する島と皆を救うために―。