10年前に東京を襲った大災害「東京大震災」により長野県へ疎開していた五十嵐丸太は、平凡な生活をクラスメイト達と送っていたがある日、丸太の通う中学校に「赤い男」が現れ、目の前でクラスメイト達を殺された丸太は、何故かクラスメイトを殺した犯人に仕立て上げられ、無実の罪で死刑を宣告されて完全民営化刑務所「デッドマン・ワンダーランド」へ送致されてしまう。そこで丸太は自分が「赤い男」の手により「罪の枝」と呼ばれる特殊能力を持つ人間「デッドマン」になっていたことを知り、やがて幼馴染みの少女シロとの再会、そして他のデッドマン達との戦い・交流を経て「赤い男」を巡る陰謀に巻き込まれていくことになります。