真理の扉(神?)を取り込んだホムンクルスは神にも匹敵する力を手に入れる。だがホーエンハイムは自らの賢者の石を国内に配置し五千万人にもおよぶ国民の魂を元の体に戻す(シンエヴァと重なる)さらにスカーは大総統を倒した後、兄の研究した逆転の錬成陣に力を注ぎこみ賢者の石の力を無効化する。
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