ソユーズを発見するコハク。
敵を惹きつけるアマリリスと銀狼、
無音爆弾でコンクリートを破壊する。
中身を取り出したコハク、
貴重な鉱石を集め続ける白夜、
プラチナを手に入れ、
硝酸を手に入れる。
インカムをつけて潜入。
石化光線奪還作戦を開始し、
千空たちはドローン作りを始め、
コハクが鍵を見つける。
連絡手段を手に入れて、
コハクからの絵手紙を推理する千空たち。
ラボの搬出に動き出すスイカ。
スイカが揺動している間に銀狼がラボを船外へ、
洞窟でコンテスト準備。
シャンプーとコンディショナーで髪を整え、
選抜が始まり、
全員合格し敵のアジトへ。
仲間になるアマリリス。
島を出ようとする少年少女たち、
石化の光線を見るアマリリス、
コハクを潜入させるため科学を総動員。
船内にあるラボを取りに行き、
石化から助かった者たち。
宝島に接近。
潜入チームで乗船、
密航していたスイカ、
船に残ったメンバーが石化、
敵と味方の存在を感じる。
科学捜査で犯人を追い、
島の住人を観察、
アマリリスの集落へ行き、
アマリリスが仲間になる。
船で進む。
語り継がれた物語を聞き、
鉱石のありかを求め、
宝箱の存在を知る人物。
宝島は無人島ではない、
船の解説、
嵐の中で島に近づく。
欲しい物は手に入れる龍水。
冬を越えて船造りを進め、
夏が過ぎ1年経ってようやく船が完成。
乗船メンバーが乗り込み、
出航し宝島を目指す。
謎の通信の疑問。
ホワイマンの正体を見るためブラウン管を作り、
レーダーとソナーも手に入れる。
金属探知機をクロムが作り大量の鉄鉱石を見つけ、
物流網が完成。
航空写真で周辺探索。
秋になり石油探索と小麦の収穫、
スイカの協力で材料を見つけ、
ついでに油田の場所に検討をつけ、
油田の発見方法を思い出す千空。
油田を発見し、
ガソリンが完成しモーターボートで海へ、
電波通信で他の何者かからモールス信号を受信。
パン作りに失敗し、プロのシェフの復活を望む。
復活液を確保しシェフを復活させ、
龍水の元に移動を始めるフランソワ、
長期保存用のパンを望み、
シュトーレンが完成。
パンを作り、
復活液を分けてくれた南の要望に応え、
鏡を使いカメラを作り、
千空と航空写真を撮る。
熱気球で石神村に戻り、石油探しへ。
焼き魚料理でもてなされ、
空と陸からお宝探し、
食料の確保も始める。
小麦でパンと農耕を準備、
小麦畑の準備で土を耕し、
小麦畑が出来上がる。
演劇「謎の光」
船にデザインコンペ、
船造りを始め、
帆船を操舵できる船長を探し、
道楽息子を復活させる。
気候を読み風雨から船を守り、
石油を探し、
金を作り始める龍水、
油田を探すため気球を作りを始め、
機織り機を作り、
新しい服を作り、
軍資金を手に入れ、
気球に乗るメンバーを決め、
空を飛び感動するクロム、
張り合うクロムと龍水、
積乱雲を越えた上へ、
石神村に戻る。
氷月とほむらを捕え、ようやく始まる。
科学文明が復活し始め、
砕いた石像の場所を伝える司、
司を救う方法。
冷蔵庫を完成させ、
雑談をする千空と司、
司を保存し、
船で地球の裏側へ。
司の妹が復活。
ほむらが陽に逃がされ、
奇跡の洞窟が爆破され、
妹を守り氷月にやられる司、
助けようとする千空も落ちる。
交渉という脅しをかける氷月、
参戦する司、
千空と司がタッグを組んで氷月に挑み、
即席のスタンガンで氷月を倒す。
最後に残るもの。
科学反応を待つ千空たち、
司の圧倒的な強さ、
ニトログリセリンを作り、
紙飛行機で飛ばす。
決着しこう着状態になり、
交渉を始める千空、
司が守りたいもの、
停戦を受け入れる司、
司の妹を掘り出す。
脱獄してきたクロムを加え最終決戦のミッション開始。
羽京が通信先に出て、
杠の極秘ミッションを見る羽京。
羽京の条件、
司が陽を弔い、
戦車が完成し、
大樹が合流し、
作戦開始。
出撃準備を始め、司軍も対策する。
陽が牢の番をし、
脱獄を考えるクロム、
縄を溶かして牢を出て、
逃げるクロムを追う陽、
クロムが千空たちの所へ戻る。
蒸気機関に負けるマグマ。
牢に入れられるクロム、
自動車が完成し、
出発。
上り坂で苦労し、
スイカが内部調査、
戦車を作り、
脱獄を考えるクロム。
ニッキーが仲間になり、司の仲間の情報を得る。
羽京に降伏し捕らわれるクロム、
司と会うクロム、
全軍出撃のために車を作る。
車作りを始め、
クロムを尋問する司、
羽京の企み、
蒸気機関が完成。
墓参りに行き千空と話す大樹と杠。
あさぎりを逃すため囮になるクロムとマグマ。
あさぎりが村に戻り、
見張のニッキーを墓の前に連れて行き、
ガチファンの前にバレそうになり、
歌を聞かせてニッキーを仲間に引き入れることに成功。
作戦開始。
監視役のほむらを追うコハク、
閃光でほむらを捉えるが逃げられ、
二重追跡を始める。
ブラックライトで追い、
モールス信号で連絡を取り合い、
ほむらを捕え、
敵の本陣に到着し、
千空の墓に携帯を仕込み、
大樹と通信を始める。
これまでの振り返りを話すあさぎり。
宇宙食作りを始め、
カップラーメンが完成、
あさぎりが策を話に来る。
騙す作戦をクロムも加わり、
作戦実行開始。
到着前にシンたちを落とす。
モルフォに向かうシンたち、
動き出すモルフォ、
対応策を考えるエルンスト、
動きを止めるモルフォ。
フレデリカとの思い出、
付いて来てしまうフレデリカ。
出撃に選抜されたことについて話し合う。
開かずの扉を開け、
秘密の飛行機を使用することにし、
フレデリカと言い争うシン。
出発の準備が進み、
激励と帰還を命じるエルンスト、
作戦が始まり出撃。
戦火の中で指揮しるレーナ。
街まで砲撃が届き、
対応策を協議し、
元の感じに戻りつつあるシンたち。
いろんな声が聞こえるシン、
突撃作戦に任命され、
出撃に備える。
レギオンの掃討作戦が始まる。
シンがみんなを起こして回り、
総攻撃を受け被害甚大、
シンたちが出撃し迎撃、
シンを心配するフレデリカ。
レーナも対応に追われ、
86を指揮するレーナ。
特別支援学校で指導を受けるシン、
嫌われるシン、
仲間の墓標を見せられ、
ファイドと再会し、
みんなで戦場へ復帰。
再びレギオンとの戦い、
シンに近づくユージン、
戦闘で致命傷を受けるユージン、
ユージンを楽にしてやるシン、
また戦場へ。
街での生活を送るシンたち、
フレデリカに付き合うシン、
半年が過ぎ亡くなった仲間が気になるシン。
シンを心配するセオトとアンジュ、
十分休んだので進みたいシンたち、
フレデリカが正体を明かし、
シンたちに頼む。
再び進み出す。
新たな86とハンドラー。
上官にも強気のレーナ、
シデンと信頼関係を築き戦うレーナ。
シンを置いていくショーレイ、
ギアーデ連邦に助けられるシンたち、
みんなに怒られて謝るシン、
連邦の市民として迎え入れられ、
シンたちの扱いを協議し合い、
フレデリカの住む家に迎え入れられ、
思惑を持つエルンスト。