2週間の旅でジルコンタワーに到着する。
街でホルンに声をかけられるディアヴロ、
聖騎士隊と問題を起こし、
苦しむ子どもの病を治すルマキーナ、
魔獣が現れる。
多重魔術を使い魔獣の動きを止め、
聖騎士長と領主が現れ、
街の様子を見て、
食事をしてシェラと水浴びをし、
聖騎士長と話し合いを始めるルマキーナ。
追われるルマキーナの前に現れる男。
これまでの旅を振り返るディアヴロ、
強い魔力を感じて浮力魔法から落ちるディアヴロ、
敵の出したワームを一蹴し、
ルマキーナを抱えて街へ。
ルマキーナの正体と旅の目的がわかり、
ルマキーナを送るために旅立つ。
統合したペロ2が葦原のタスクを見つけ、
東京駅に近づくユンたち。
シヴァに近づくシャランガ、
目的の場所へと飛ぶジェットジャガー、
タスクの修復を急ぐペロ2、
ゴジラに落ちるユンとジェットジャガー。
シャランガがシヴァに辿り着き、
過去に向かって計算を始めるペロ2、
コードが届かずに落ちるユンとジェットジャガー、
ジェットジャガーとペロ2からのメッセージ、
破局が止まり、
出会う銘とユン。
メカゴジラを製造する海……と？。
始まりの場所に到着する銘、
学習が進むジェットジャガー。
目的地に到着し準備を始める銘たち、
ラドンに追われる鹿子を助けるジェットジャガー。
中心部へ到着する銘たち、
オーソゴナル・ダイアゴナライザーを手にしメッセージを受け取る準備をするユンたち、
未来が分岐し不安定に、
破局が近づき、
対抗準備を進めるユンたち。
骨を持ち出す海を見送るユンたち。
暴れ回るゴジラ、
BBと共に超時間計算機の元に着く銘、
解読を進めユンとジェットジャガー、
シーバの施設から抜け出しシャランガが出てきた場所へ。
更に中心部に進むユンたち、
葦原の足跡を辿る銘、
アップデータが終わり学習を始めるジェットジャガー、
行き先を定めるユンたち。
ゴジラの攻撃で落ちるラドン。
最初に調べた館に戻るユンたち、
時間軸を考える銘と李、
BBの代理と合流し、
葦原の数列の謎を解くユン。
未来を記した過去の情報から未来を予測するユン、
紅塵と共に現れたシャランガの動きを止めるBB、
ゴジラに攻撃し反撃で火の海と化す東京。
ゴジラの破壊を試みるも復活。
東京は再び紅塵に包まれ、
復活したゴジラに攻撃を与えるが反撃が……、
蜘蛛に襲われ続け、
ユンと思考を進める銘、
李たちに葦原の結果を伝え、
ロンドンから避難をする銘たち、
蜘蛛の巣から逃避を始めるユンたち。
ラドンに襲われる銘たち、
殿を務めるジェットジャガー、
船で脱出しジェットジャガーはスリープモードへ、
海上に紅塵の渦が立ち昇る。
ゴジラ討伐作戦が開始し大爆発を起こす。
ゴジラが動かなくなり、
各地で怪獣の死体が散乱、
思考を深めるBB、
葦原の研究成果を李から聞く銘。
拘束を解かれるBB、
蜘蛛の怪獣に囲まれるジェットジャガー、
葦原の研究を調べる銘、
蜘蛛のを調べ、
復活した蜘蛛に再び囲まれる。
東京に上陸する巨大怪獣。
李と共にBBの元へと移動する銘、
紅塵に包まれる東京、
研究を進めるユン、
研究所の地下に侵入する海。
シャランガに対抗するBB、
仮定を進めるユンと銘、
ジェットジャガーの修理が完了しユングを搭載。
各国を飛び回るラドンの群れ。
葦原の情報を追いかけ、
アーキタイプを解読する銘、
アンギラスを仕留めるジェットジャガー。
マンダを追い新たな怪獣が現れ、
撃たれたアンギラスが息を吹き返しジェットジャガーを倒し、
オートパイロットでアンギラスを倒すユン。
漁船の救助の最中に海蛇の怪獣に襲われる。
怪獣を追うユン、
レポートの報告を李にする銘、
上がってくる怪獣を再び格納庫に閉じ込め、
怪獣を追うユンたちは怪獣を取り逃がす。
世界中でラドンが目撃され、
アンギラスの捕獲作戦が開始され、
現れたアンギラスに対峙するジェットジャガー。
怪獣にのまれる漁船。
ラドンが回収され研究が進み、
ユンは検証に乗り出し、
銘は暗号を解読しながらドバイへ、
佐藤と接触するユン。
アーキタイプ発表会に参加する銘、
第2格納庫が開かれ、
足跡を追って海と会うユンと侍、
新たな怪獣が現れる。
ラドンの大群に対応する自衛隊。
街に押し寄せるラドンの大群、
電波でラドンを誘導するユンたち、
オオタキファクトリーのロボットを借りるペロ2と銘、
ラドンに対抗する準備をするユン。
音でラドンの気を逸らし、
再び電波で誘導するユンたち、
勝手に落ちていくラドンたち、
李の代理で海と会う銘、
連絡を取り合うユンと銘、
海中を漂う新たな怪獣。
怪獣にジェットジャガーで挑み、
飛び去ると思われたが落ちてくる怪獣。
次に備え、
新たに見つかる翼竜の死体、
翼竜がラドンと名付けられ、
水面下で動き出し、
海から大量にラドンが飛び出す。
幽霊の出る館の調査をするユンと侍、
管理局へ代理で来る銘、
警察に補導されたユンと侍を迎えに来たおやっさん。
AIに名前をつける銘、
銘と再会する侍、
突如現れる鳥型の怪獣、
研究所の地下を見る佐藤。
会合に同行するロック、
相手を撃ち、
逃げる途中で雪緒に攫われるロック。
雪緒を追うレヴィ、
レヴィvs銀次、
自ら命を断つ雪緒。
街に戻るロック。
鷲峰組の制圧が進み、
レヴィに噛み付くロック、
行動を起こす雪緒、
バラライカたちが動いている車の囮を仕掛ける。
バラライカに進言するロック、
バラライカを楽しませるロック、
過去を忘れる覚悟をするロック、
銃を手にする雪緒。
アジトに乗り込むレヴィと銀次、
輩を連れて行くレヴィ、
銀次が刀を振い、
雪緒を守るロック。
雪緒の覚悟に後悔するロック、
雪緒の責められ反論できないロック。
バラライカの通過地点、
銀次が雪緒を迎えに来て、
銀次が動き始め、
雪緒の元へ行くことを決めるロック。
輩に囲まれる雪緒、
戻って来た銀次と手を組むロック、
敵のアジトに乗り込むレヴィと銀次。
抗争の主導権を握るバラライカ、
レヴィをナンパしたヤツがロックに当たり、
雪緒と再会するロック。
雪緒の家に気付くロック、
抗争が激化し、
覚悟を決める雪緒。
バラライカの通訳で日本に帰国するロック、
縁日に立ち寄り、
過去を語るロック、
射的屋にいちゃもんをつけるレヴィ。
雪緒と出会うロック、
実家に寄るロック。
攻められ対抗していき、
建物が崩れる。
船が戻り急いで乗り込み、
追ってきた敵を倒し、
データもダウンロードする。
エダの計画、
ジェーンをかくまい逃すことにするが、
船はなし。
敵が事務所に大量に攻めてきて、
追い詰められて考えるロック。
逃げ出すジェーン、
教会に逃げ込むジェーン。
ジェーンの話を聞き、
宿の斡旋をして、
依頼を受けた者たちが動き出す。
二手に別れる双子、
グレーテルに捕まるエダ、
ヘンゼルを追い詰めるバラライカ。
グレーテルを船に乗せ移動するダッチ、
双子と話すロック、
始末される双子。
出発する双子、
敵の正体がわかり、
チャンと同盟を組むバラライカ、
ヴェロッキオの事務所に現れる双子。
双子を取り逃がすチャン、
双子の掃討作戦が始まり、
双子を対峙するレヴィとエダ。
街で殺しが続き、
マフィアの連絡会が行われ、
殺し屋も街に集まる。
情報を得るバラライカ、
本格的に動き出すバラライカ、
情報から吸血鬼を想像するロック。
雑談をされるロックは銃を向けられ、
ロックを助けに向かうレヴィ、
助け出され逃げるレヴィたち。
追手を返り討ちにしながら逃げるレヴィたち、
無事に書類を渡す。
ミスターチャンからの依頼が飛び込み、
商談中に襲われ、
海に逃れる。
二手に分かれ、
合言葉のトラップが発動し、
ロックが連れ去られ、
レヴィに助け立ちが入り、
捕えられ質問されるロック。
執拗に追ってくるロベルタ、
気がついたレヴィがロベルタと対峙し、
ロベルタを応援するガルシア、
争いを止めるバラライカ。
ロベルタの正体をバラすバラライカ、
ロベルタが経緯を語り、
落とし前をつけるため殴り合うレヴィとロベルタ。